تعتبر الزكاة من أهم أدوات التكافل الاجتماعي، يقوم البنك بمهمة تلقي أموال الزكاة وإنفاقها في مصارفها الشرعية وتوجيهها لمستحقيها، و خصص البنك لهذه الخدمة حسابات مستقلة ضماناً لعدم اختلاطه بخدمات البنك الأخرى. وتشكل لجان شعبية باسم " لجان الزكاة " في الأحياء والقرى والنجوع تضم العناصر المشهود لها بالسيرة الطيبة وحسن السمعة لتقوم بمهمة الدعوة وحث المواطنين على إخراج الزكاة والعمل على تحصيلها وتوزيعها على مستحقيها وذلك تحت الإشراف الكامل للبنك. ويتبع البنك أكثر من خمسة آلاف لجنة منتشرة في جميع قرى وأحياء ونجوع الجمهورية. ويقدم البنك خدمات من أموال الزكاة وهى: قروض لتمليك مستلزمات ووسائل الإنتاج وتيسير أداء فريضة الحج بالإضافة إلى صرف النفقة.